C'est tout à fait possible.
Plusieurs l'ont fait ici. Si tu tapes "Compartimenté" dans Recherche, en haut tu verras tous les sujets.
Dont celui ci très bien fait :
https://www.betta-forum.net/t23414-bac-240l-compartimente?highlight=compartiment%E9Mais bon à mon avis pour faire passer un système qui aspire l'eau sale de tous les compartiments, du moment qu'il y a des passages d'eau, l'eau sera renouvelée.
Pour les saletés les plus grosses à mon avis t'auras pas le choix que de les aspirer.
Perso dans mon bac hôpital j'ai fais un système de cloison amovible avec une ventouse fendue. Et des trous à la perceuse dans la paroi en plexi et l'eau circule nickel.
D'ailleurs elle passe aussi sur les côtés entre la vitre et l'épaisseur de la ventouse qui bloque la paroi.